Sekretaris Balitbang Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan RI Dr. H. Rohmat Mulyana Sapdi, M.Pd dalam acara Launching Satuan Kerja Badan Diklat Keagamaan Papua di Aula Sasana Krida Bakti Kanwil Kementerian Agama Provinsi Papua menyampaikan proses terbentuknya Badan Diklat Keagamaan Papua sebagai berikut :
Tahun 2014 Kementerian Agama RI mengusulkan Satker BDK Papua kepada Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi RI
Tahun 2015 Diadakan Rapat Terpadu antara Kementerian Agama, Kemenpan RB, Kantor Staf Presiden dan Masyarakat Papua dilanjutkan dengan rapat-rapat internal antara Kemenag dan Kemenpan RB untuk pematagan prospek organisasi dan eselonisasi
Tanggal 23 Pebruari Tahun 2015 BDK Papua resmi memperoleh ijin Menpan RB dengan terbitnya Surat Keputusan Menpan RB Nomor B/684/M.PANRB/02/2015 Tentang Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan Papua. BDK Papua menjadi BDK ke-14 yang kemudian tertuang dalam PMA Nomor 59 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan.
Tanggal 7 Desember 2015 Balitbang Diklat mengajukan permohonan Kode Satker BDK Papua kepada Sekjen Kemenag RI melalui Surat Sekretaris Balitbang Diklat RI Nomor Set.BD/I/KU.00/3423/2015
Tanggal 6 Januari 2016 Kode Satker BDK Papua terbit melalui Surat Dirjen Anggaran Nomor S-15/AG/2016 Tentang Kode Satker BDK Papua dengan Nomor 426201 sehingga atas dasar inilah pada Tahun Anggaran 2017 Baltbang Diklat sudah dapat mengalokasikan Anggaran untuk BDK Papua terutama untuk Belanja Modal khususnya pembangunan infra struktur BDK
Hal ini dikuatkan dengan terbitnya Surat ke Badan Litbang Diklat Nomor B-993/BD/I/KU.00.1/03/2016 Tentang Rencana Tahapan Pembangunan dan Pengembangan BDK Papua
Tanggal 27 Mei 2016 Kepala Badan Litbang dan Diklat menerbitkan Surat Nomor : B-1614/BD/I/KU.00/05/2016 Tentang Rencana Penyiapan BDK Papua yang didalamnya terkait dengan pengisian Pejabat dan Personil Struktur Organisasi BDK Papua
Tanggal 13 Oktober 2016 Kepala Badan Litbang dan Diklat melantik Kepala BDK Papua, H. Jamaluddin Iribaram, S.Pd.I,MM berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor : B.II/3/17127/2016 tanggal 03 Oktober 2016
Tanggal 24 Nopember 2016 Kepala Badan Litbang dan Diklat melantik Pejabat Eselon IV BDK Papua yaitu Kepala Sub Bagian Tata Usaha Muhammad Mochtar Tuhuteru, S.Ag.MM, Kepala Seksi Diklat Tenaga Teknis Pendidikan dan Keagamaan, Drs. Bambang Rudianto. M.Pd dan Kepala Seksi Diklat Tenaga Administrasi Beatrik Windesy, SE